孙嘉曼(1986-),博士,副研究员,澳大利亚昆士兰大学访问学者,主 要从事园艺作物抗病资源挖掘利用及植物抗病与病原菌致病互作机理 研究,承担微生物学、分子生物学、园艺作物育种等课程教学与学生毕业论 文指导工作。主持或参与国家自然科学基金项目、广西自然科学基金项目、 广西科技计划项目、广东省普通高校特色创新项目等科研项目20余项; 在《Plant Disease》《Plant Physiology
摘要:【目的】通过单细胞转录组测序比较天子蓝盘丽鱼和野生阿莲卡盘丽鱼皮肤组织中与体色形成相关的基因 表达模式,为深入研究鱼类体色及良种选育提供数据基础,也为盘丽鱼或其他水产鱼类进行单细胞转录组研究提供 技术借鉴。【方法】利用单细胞转录组测序技术对天子蓝(人工选育)和阿莲卡(野生型)2种盘丽鱼的皮肤组织进行转 录组测序,经fastp质控过滤后,通过Cell Ranger比对参考基因组生成单细胞表达矩
摘要:【目的】基于转录组测序挖掘出贵州关岭牛肌肉生长发育关键基因,为后续培育贵州优质肉牛品种提供理 论依据。【方法】选取3头健康且体重相近的24月龄成年关岭牛,屠宰后采集其心脏、肝脏、脾脏、肺脏、肾脏、背最长肌、 大腿肌及肩峰等组织样品,采用TRIzol法提取各组织总RNA,构建cDNA文库后进行转录组测序,通过生物信息学手段筛选出不同样品间的差异表达基因(DEGs),结合GO功能注释分析和KEG
摘要:【目的】鉴定筛选出与疣吻沙蚕性腺发育相关的候选基因及信号通路,揭示其性别分化及变态的分子调控 机制,为疣吻沙蚕大规模人工繁育技术的突破提供理论依据。【方法】以成熟雄性(M)、成熟雌性(F)和未变态疣吻沙 蚕(R)为研究对象,通过Illumina NovaSeq6000平台完成高通量转录组测序,经过滤、质量控制及拼接组装后,依据 Fold Change>2且错误发现率(FDR)<0
摘要:【目的】挖掘参与绿壳蛋形成的潜在调控基因和蛋白,为开展赤水乌骨鸡品种选育及揭示家禽蛋壳颜色形 成分子机制提供理论依据。【方法】以280日龄的绿壳纯系赤水乌骨鸡为研究对象,分别采集产深绿(SL)和白壳(BK)鸡蛋的母鸡蛋壳腺组织样品,通过转录组测序和TMT定量蛋白组学技术分别筛选出差异表达基因(DEGs)和差异表达蛋白(DEPs),并对转录组学和蛋白组学进行联合分析,筛选出调控绿壳鸡蛋颜色深浅
摘要:【目的】通过对巴马香猪和杜洛克猪背最长肌组织进行转录组测序鉴定差异表达lncRNA,筛选与骨骼肌发育形成相关的候选基因,为明确lncRNA对骨骼肌生长发育的调控机制提供理论基础。【方法】采集12月龄的巴马香猪 和杜洛克猪背最长肌组织进行转录组测序,以错误发现率(FDR)<0.05且|log2Fold Change|>1为标准筛选差异表达基 因(DEGs)和差异表达lncRNA,并
摘要:【目的】基于转录组测序分析溶解氧对四指马鲅(Eleutheronema tetradactylum)幼鱼鳃组织的影响,探究四 指马鲅应对低氧胁迫的适应机制,为四指马鲅的抗逆性研究提供参考依据。【方法】以四指马鲅幼鱼为试验材料, 设3种溶解氧含量处理,常氧组(CG)6.33±0.15mg/L、中度低氧组(OC4)3.99±0.18mg/L和重度低氧组(OC2)2.05±0.15mg/L,处理2
摘要:【目的】对剑白香猪黑色和白色表皮组织进行转录组测序,筛选出对黑色素生成起调节作用的miRNA,为进一步研究miRNA对剑白香猪表皮颜色形成的调控机制提供理论依据。【方法】以剑白香猪黑色和白色表皮组织为 试验材料进行转录组测序,以|logFold Change|≥1且错误发现率(FDR)<0.05为标准,采用DESeq2筛选差异表达 miRNA,使用miRanda和RNAhybrid预测
摘要:【目的】基于转录组测序分析筛选出藏猪睾丸组织中的性成熟相关基因,为提高藏猪的繁殖育种性能提供 参考依据。【方法】以性成熟前(2月龄)和性成熟后(24月龄)的藏公猪为研究对象,通过人工阉割法采集藏猪睾丸组织 进行转录组测序,依据错误发现率(FDR)<0.05且logFold Change|>1的标准筛选差异表达基因(DEGs),综合GO功 能注释分析和KEGG信号通路富集分析筛选出
摘要:【目的】开发巴氏新小绥螨(Neoseiulus barkeri)高效氯氟氰菊酯抗药和敏感品系的微卫星(SSR)分子标记, 为其抗药性基因遗传分析和抗药性品系的快速鉴定及筛选提供理论基础。【方法】应用MISA对巴氏新小绥螨转录组 已注释的Unigenes数据进行搜索,高通量挖掘该螨的SSR位点。使用Primer 5.0进行SSR引物设计,随机挑选其中 25对引物对巴氏新小绥螨高效氯氟氰菊酯抗性
摘要:【目的】鉴定赤斑白条天牛(Batocera rufomaculata)嗅觉相关基因,筛选其中的差异表达基因(DEGs),为探 明赤斑白条天牛嗅觉机制和基于嗅觉识别的天牛生物防治新途径研究提供理论支撑。【方法】采用Illumina NovaSeq 6000测序平台对赤斑白条天牛触角、跗节和残体进行转录组测序,利用测序数据组装、注释、数据库序列检索、序列比 对及差异基因分析等生物信息学分析方法挖
摘要:【目的】探明芒果点斑螟(Citripestis eutraphera)不同发育阶段的转录组差异,挖掘保幼激素(JH)和蜕皮激 素(Ecd)合成等生长发育相关基因,为芒果点斑螟特异性防治和研发环保型生长调节类杀虫剂打下基础。【方法】利用高通量测序技术对芒果点斑螟幼虫、蛹和成虫进行转录组测序、数据组装、功能注释和比较分析,筛选出JH和Ecd合成相关基因,并通过实时荧光定量PCR进行验证。【结果】
摘要:【目的】基于转录组测序数据分析鉴定调控菜心抽薹开花相关的候选基因及信号通路,为今后阐明菜心抽薹 开花调控分子机制及选育不同熟性菜心品种提供理论参考。【方法】对四九-19号(早熟型)和80天油绿(晚熟型)菜心的 七叶期和现蕾期茎尖组织进行转录组测序,比较不同熟性菜心品种间及不同生长时期间的差异表达基因(DEGs),并对 其进行GO功能注释及KEGG信号通路富集分析,结合FLOR-ID和UniP
摘要:【目的】对野生型PH-1菌株和醛脱氢酶(ALDH)基因FGSG_04194敲除突变体(AFg04194)进行转录组测序,分析禾谷镰刀菌ALDH调控菌丝生长和脱氧雪腐镰刀菌烯醇(DON)生成情况,为深入探究禾谷镰刀菌ALDH的生物学功能、DON生成机制及致病机理提供了理论依据。【方法】接种禾谷镰刀菌野生型PH-1、△Fg04194突变体和基因回补突变体(AFg04194-C)菌株至CM培养基和
摘要:【目的】基于转录组测序数据分析伊丽莎白安格斯三角梅SSR、SNP和InDel位点特征,为开发三角梅分子标 记、选育无刺或少刺品种、品种鉴定及亲缘关系分析提供理论依据。【方法】以伊丽莎白安格斯三角梅3个时期的枝刺 和茎段为材料,对其进行转录组测序,采用Trinity对获得的高质量测序数据进行序列组装,利用MISA和GATK3对 SSR、SNP和InDel进行特征分析。【结果】18个样本转录组测
摘要:【目的】分析不同含油量油梨果肉的转录组、生理生化和细胞学水平差异,为挖掘油梨果肉脂肪酸合成过程 的相关基因及油梨新品种选育提供参考依据。【方法】以3个油梨品种Hass、RL-1和RL-2成熟果肉为试验材料,采用 Illumina HiSeq 2500测序平台完成测序,以|log2Fold Change|>1和P<0.05为标准,通过DEGseq(v2)获得差异表达 Unigene
摘要:【目的】探索菜心响应高温胁迫的转录组分析及基因挖掘,为筛选响应高温胁迫的菜心耐热基因及耐热菜 心分子育种提供参考依据。【方法】以菜心耐热品种四九-19号和热敏品种特青迟心4号2个耐热性差异明显的菜心品 种为试验材料,经高温(42℃)胁迫处理后,对植株地上部和地下部共24个样本基因进行转录组测序,筛选出差异表 达基因(DEGs),利用COG、GO、KEGG、KOG、Pfam、Swiss-Pro
摘要:【目的】分析不同品种三七的根系形态指标及主根皂苷含量差异,探究根系形态特征与三七生物量及皂苷 含量和累积量的关系,为基于三七根系形态特征的高品质三七品种选育提供理论依据。【方法】以苗乡三七1号(M1)、苗乡7号(M7)、苗乡8号(M8)和文院紫七1号(Z1)4个三七品种的2年生植株为研究对象,利用根系扫描仪测定三七的 根系形态指标,通过高效液相色谱法测定三七主根中主要皂苷的含量,同时测定三七
摘要:【目的】探究毛竹林林下种植中药材对土壤有效态中、微量营养元素的影响,为毛竹林林下种植土壤养分资 源管理及我国南方竹产区林药复合经营模式的推广提供科学参考。【方法】以广西桂林漓江源区毛竹人工林林下种植 的3种中药材样地为研究对象,采用完全随机区组设计,设4个处理,即未种植中药材的毛竹林对照、林下种植黄花倒 水莲(Polygala fallax)、林下种植多花黄精(Polygonatum cyr
摘要:【目的】研究蔗叶源生物炭不同施用量对甘蔗产量及氮磷钾养分吸收利用的影响,以期为蔗叶生物炭在甘 蔗生产中的科学施用及实现养分高效利用提供理论依据。【方法】于2021-2022年开展田间试验和N同位素示踪桶栽试验,以桂柳05136和桂糖42为供试品种,设CK(对照,不施蔗叶生物炭)、T1(蔗叶生物炭用量2.7t/ha)、T2(蔗叶生物炭用量5.4t/ha)和T3(蔗叶生物炭用量10.8t/ha)
摘要:[目的]从景德镇高岭土中分离解磷菌并进行全基因组测序分析,以期为解磷微生物的挖掘及探究其解磷性状和解磷机制提供研究基础。[方法]对景德镇高岭土中的解磷菌进行分离,采用溶磷指数对菌株分解无机磷和有机磷能力进行初步评估,采用钼锑抗比色法对菌株的解磷能力进行定量分析,采用碱性磷酸酶(AKP/ALP)检测试剂盒对菌株碱性磷酸酶活性进行测定,采用16S rDNA对菌株进行鉴定,选取解磷能力较强的菌株进
摘要:【目的】建立柽柳再生及遗传转化体系并分析瞬时转化柳树突触融合蛋白(TcSYP121)基因功能,为筛选柽 柳分子抗性育种候选基因及盐碱土的改良和生态修复提供理论参考。【方法】通过单因素筛选最佳外植体、消毒处理、 各阶段(初代、分化、增殖和生根)的培养基类型及激素浓度建立柽柳再生体系;通过正交试验分析影响转化体系的4 个因素(预培养时间、侵染时间、共培养时间和农杆菌浓度);通过PCR扩增及电泳结
摘要:【目的】建立稳定的蒜头果ISSR-PCR反应体系,筛选出适用于蒜头果的多态性引物,为后续蒜头果遗传多样性研究及种质资源保护提供参考依据。【方法】采用单因素试验与L2(5)正交试验相结合的方法,对影响ISSR-PCR反应体系扩增效果的4个主要因素(模板DNA用量、引物浓度、dNTPs浓度、Tag DNA聚合酶)及反应循环数进行优化, 确定最佳反应体系和条件。在此基础上筛选出适用于蒜头果的多态性
摘要:【目的】研究增强UV-B辐射下台农一号芒果果肉抗氧化还原性成分的响应机理,为全球气候变化下芒果生产提供理论参考。【方法】以自然光照射为对照,设人工模拟增强UV-B辐射,强度为96kJ/(m2·d)处理。2021年花后 30d(12月18日)至花后90d(2022年2月17日)、2022年花后40d(12月1日)至花后90d(2023年1月21日),每隔10d取 芒果果肉样本1次,分别取样共7
摘要:【目的】分析不同造型白化绿茶滋味化学成分及感官品质的差异,为开发白化茶树品种产品制定适宜的工 艺流程提供参考依据。【方法】以白化茶树品种白叶1号鲜叶为原料,采用瓶式炒干机、双锅曲毫机和理条机3种设备分 别制成卷曲形、颗粒形和松针形白化绿茶,运用高效液相色谱法(HPLC)等方法检测茶叶常规品质成分、氨基酸组分和儿茶素组分,采用主成分分析(PCA)、正交偏最小二乘判别分析(OPLS-DA)和层次
摘要:【目的】探究以桉木屑、桉树皮和杂木屑为基质栽培的毛木耳品质差异,为桉木屑或桉树皮应用于食用菌栽 培提供科学参考。【方法】以不同基质(桉木屑、桉树皮和杂木屑)栽培的毛木耳为供试材料,分析其主要农艺性状、氨 基酸组成及质构特性,采用相关分析和主成分分析综合评价不同栽培基质毛木耳品质。【结果】不同栽培基质的毛木 耳菌丝开始吃料时间和菌丝生长速度差异不显著(P>0.05),以桉木屑和桉树皮为主
摘要:【目的】探讨3种包装方式对龙滩珍珠李果实采后低温贮藏品质的影响,筛选适合龙滩珍珠李果实低温冷藏 的最佳包装方式,以期为龙滩珍珠李果实采后贮藏保鲜提供新途径。【方法】以龙滩珍珠李果实为材料,采用保鲜袋、 硅窗袋和保鲜盒分别包装后置于(4±1)℃低温贮藏49d,贮藏过程中每隔7d检测1次果实品质指标。【结果】随着贮藏 时间的延长,3种包装的龙滩珍珠李果实失重率、腐烂率、固酸比(TSS/TA)和果
摘要:【目的】探究湖南省“一村一品”发展情况及空间分布格局,为农业特色产业优化布局和提升现代农业发展 水平提供理论依据。【方法】基于2011-2022年湖南省获得农业农村部认定的135个全国“一村一品”示范村镇数据,借 助地理信息系统(GIS)技术,综合利用平均最近邻域分析、核密度分析、地理重心迁移等空间分析方法,对湖南省“一 村一品”示范村镇空间分布特征及演变规律进行分析。【结果】湖南省“一村一
摘要:【目的】测算我国农产品贸易隐含碳,分析欧盟碳边境调节机制(CBAM)对我国农产品贸易的影响,为我国国内农产品生产流通和国际农产品进出口政策制定提供参考依据。【方法】基于GTAP-E数据库构建投入产出表,利用投入产出法测算我国各农产品贸易隐含碳,并基于最新的欧盟CBAM实施要点设计模拟情景,分析欧盟碳关税对我 国农产品贸易的影响。【结果】欧盟的碳关税将改变我国农产品生产结构,使得大部分农产品产